Cuando se trata de organismos que se reproducen sexualmente, las consecuencias de la endogamia pueden provocar el debilitamiento, e incluso el colapso, de una población de insectos o animales. Para producir descendientes genéticamente aptos, la reproducción sexual debe ocurrir entre dos individuos genéticamente diferentes. Cuando dos individuos genéticamente relacionados se reproducen, es probable que la descendencia resultante desarrolle enfermedades genéticas que los hacen incapaces de desarrollar sus funciones o reproducirse.
Por lo tanto, para que cualquier especie sobreviva y evite la extinción, el apareamiento debe ocurrir entre individuos que no estén relacionados genéticamente. Los insectos sociales son una excepción a esta regla. En el caso de los insectos sociales, no es la aptitud del insecto individual lo que importa, sino la aptitud de la colonia. Esta es la razón por la que las colonias de termitas se denominan «superorganismos», y cada miembro de la colonia es simplemente un componente de este superorganismo.
En principio, la endogamia no sólo no afecta a las termitas, sino que ni si quiera la practican, ya que las colonias de termitas están compuestas por «hermanos» asexuales, fruto de un único apareamiento entre una termita reina y un rey, o reproductores primarios. Estos hermanos no están físicamente equipados para la reproducción sexual, pero si la reina muere, algunos de ellos desarrollan órganos sexuales para seguir reproduciéndose y así mantener la colonia. Estos nuevos reproductores se denominan reproductores secundarios y sólo producen descendientes consanguíneos.
Para que las colonias de termitas mantengan una buena salud, la tasa de endogamia entre reproductores secundarios se mantiene bajo control. Sorprendentemente, estudios recientes han demostrado que incluso la endogamia moderada entre reproductores secundarios puede tener un impacto negativo duradero en la salud general de una colonia.
Los investigadores descubrieron que la especie de termitas Zootermopsis angusticollis se volvió más vulnerable a enfermedades después de una sola generación de endogamia. La primera generación de termitas endogámicas demostró tener capacidades sociales deficientes, siendo esenciales para la supervivencia de las termitas. Por ejemplo, las termitas comparten el aseo entre todo el grupo para limpiarse de patógenos que causan enfermedades, pero este comportamiento social se ha vió claramente comprometido en el grupo de termitas estudiado como consecuencia de la endogamia. Esta falta de acicalamiento hizo que las termitas endógamas fueran susceptibles a enfermedades que afectaban a toda la colonia.
Otro estudio, esta vez realizados con termitas subterráneas, mostró que la endogamia puede llevar a las obreras, de menor tamaño, no pueden realizar sus tareas de forma tan efectiva como las obreras que no son endogámicas. En la mayoría de los casos, la endogamia debe practicarse a lo largo de varias generaciones antes de que las colonias de termitas se vean perjudicadas, aunque las diferentes especies de termitas tienen diferentes grados de tolerancia a este tipo de reproducción.
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